虽然有朱由检的乱入，但朱由检还是笃定历史上的宁远兵变仍然不可避免。
据史料记载，二十五日，宁远发生兵变，哗变首先是由从四川、湖广调来的部队发起的，以杨正朝、张思顺等为首。
他们先秘密串联，再集中到广武营，会盟歃血，率先兵变。接着，事态不断扩大，影响迅速蔓延，其余十三营起而响应。哗变的官兵涌入巡抚衙门，将辽东巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳等人，从衙门拉出来，加以捆绑，囚于谯楼。
而历史上的宁远兵变又是怎么平息的呢？没错，是袁崇焕一人平息的，其过程简直可以拍成一部个人英雄主义电影。
第一步，袁崇焕单骑出关。袁崇焕八月初六日到达山海关，次日就马不停蹄单骑出关，不带随从，驰往宁远。这充分表现出袁督师的果断、干练、勇敢与侠气。
第二步，迅驰入营。袁崇焕到宁远后，没有到巡抚衙门，没有会见同僚，没有会见朋友，也没有了解兵变情况，而是“至宁远未入署，即驰入营”。就是驱骑急进，直入兵营，要取得迅雷不及掩耳的效果。
第三步，攻心为上。“宣上德意，各兵始还营伍”。袁崇焕迅速赶到兵营后，利用原来的威望与情感，安抚士兵，宣抚慰劳，使得骚动官兵各回营伍。
第四步，密定计划。“崇焕与道臣郭广秘图”，就是袁崇焕与掌握实际情况的郭广等秘密商量，制定计谋，采取措施。
第五步，宽宥事首。袁崇焕“召首恶杨正朝、张思顺至膝前，谕以同党能缚戎首即宥前罪之旨，令报诸逆者名，擒之赎死。二凶唯唯。”宽宥事首张正朝、张思顺，先瓦解哗变官兵上层内部。
第六步，剪除“次恶”。将“次恶”田汝栋等十五人捉获，“崇焕令郭广当堂认识，俱当日向前首恶，即令枭示”，将他们戮于市，进行震慑。
第七步，擒叛立功。杨正朝、张思顺两位哗变的首领，因为“擒叛有功”，经奏报朝廷，将他们“发前锋立功”。
第八步，分别处理。中军吴国琦斩首参将彭簪古受斥责都司左良玉等四人被黜免通判张世荣、推官苏涵淳因贪虐引起哗变，受到降职斥责总兵官朱梅解职。
第九步，奖励祖营。都司祖大乐所率一营官兵，没有参加哗变，受到奖励。
第十步，奏报朝廷。袁崇焕向朝廷详奏宁远兵变经过、原因、处理及善后事宜，并得到崇祯皇帝的批准。
这十步走下来，袁崇焕干净利索、迅速漂亮地平息了这场宁远兵变，稳定了辽东军局势。
而袁崇焕也是通过这一次神操作，充分获得辽东军上上下下的信赖，几乎使得辽东军成为yuanjiajun。
但是，袁崇焕这些神操作，大概率是和辽西将门集团联手主导的自导自演事件，毕竟从结果来看，宁远兵变后，袁崇焕彻底掌握辽东军，以祖家为首的辽西将门集团，亦从朝廷获得大量的好处，朝廷供给的辽饷，从每年五百万飙升至百万，乃至上千万。
而代价便是整个大明都在为日益高涨的辽饷买单，朝廷财政彻底崩溃，百姓越发民不聊生，再加上西北干旱连年，最终把偌大的大明王朝生生拖垮。
听到朱由检言之凿凿，声称辽东将发生兵变事件，张朝忠不由急道：“陛下，关宁防线关乎京畿安危，倘若生变，建奴再趁机南下，那大明则将陷入危如累卵的境地！”
朱由检摆摆手，淡淡的道：“你也无须太过担忧，虽然近段时间以来大明各地烽火连天，但西南的奢安之乱已被四川巡抚朱燮元、石柱总兵秦良玉、四川总兵杜文焕、贵州巡抚王三善等人平定，不日石柱总兵秦良玉将率领一万白杆兵前来拱卫京师。
西北方面，流贼之乱和秦王之乱亦被洪承畴、卢象升、孙传庭、杨嗣昌等人平定，不日卢象升、孙传庭、杨嗣昌将率领两万秦军前来拱卫京师，曹变蛟和茅元仪亦将率领五千勇卫营和一万新军回师京城。
再加上朕带去大同的六万御林军亦陆陆续续赶回京城，京城可战精锐当有十万以上，即使建奴打破山海关兵临京师城下，也休想灭我大明社稷。”
不知不觉，朱由检手里的可战之兵亦有十万之众了，这十万大军无疑是他掌握朝政最大的底气。
“陛下英明神武，固然无惧建奴，可建奴当真打入京畿重地，那京畿百姓可就要遭殃了。臣愿向陛下立军令状，此去辽东，臣一定将辽东兵变抚平，并慑服辽东军上上下下，让辽东军成为对陛下忠贞不二的军队！”张朝忠信誓旦旦的道。
朱由检看了他一会，才摇了摇头道：“你未免太过小看辽西将门集团了，以这种心态前往辽东，朕怕你会折戟沉沙，在辽东吃一个大亏。”
“辽西将门集团？”张朝忠疑惑的道：“臣只听说昔日辽东李氏将门起自李成梁，李成梁蓄养家丁，纵横辽东，所向披靡，连老酋头努尔哈赤都在李成梁门下听用，不敢有半点违逆。
但自李成梁故去之后，李氏一门声势日衰，萨尔浒之战后，辽东李氏故旧部曲已无复存，恕臣直言，陛下口中这个所谓的辽西将门集团，臣从未听说过。”
朱由检回道：“李氏一门固然声势日衰，但新进崛起的辽西将门集团却远比李氏危害更甚。辽西将门集团以祖氏一门为首，祖氏家主祖大寿，其父祖承训，号双泉，是明朝万历年间镇守宁远的援剿总兵官祖仁的次子，随李成梁东征西伐，因抵御蒙古骑兵作战有功，不断得到提拔，出任辽东副总兵。
祖大寿家学渊源，于泰昌元年为官，授职靖东营游击，曾被经略熊廷弼上奏表彰。天启元年为广宁巡抚王化贞部属，任职中军游击。
辽东军相继取得宁远、宁锦两场大捷后，祖大寿凭军功升任辽东前军总兵，挂征辽前锋将军印，驻守锦州。
随着祖大寿地位的迅速上升，祖氏满门都获封官职。祖大寿的兄弟祖大乐、祖大成、祖大弼，子侄祖泽远、祖泽沛、祖泽盛、祖泽法、祖泽润、祖可法等，都是上自总兵、下至副将、参将、游击的各级军官，分驻宁远、大凌河、锦州诸城。
除此之外，祖家还积极和辽西将门集团的其他将领联姻，编织成千丝万缕的关系，在辽东堪称一手遮天。
如果祖家仅仅只是在辽东关起门来当土皇帝，朕还能睁一只眼闭一只眼，可辽西将门集团，打着辽人守辽土的名义，把那些从建奴屠刀底下逃亡而来的辽东生民，当做为自己屯田出兵的私奴。
他们畏惧建奴如虎，不敢出城与建奴野战，但是对于那些逃亡而来的辽东生民却从来不放在眼里，视他们如牛羊一般，任意驱使。
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