十几年后，新人类在小豹的带领下发展壮大，由当初的几十人扩展到上千人。
机器人也履行了承诺，将《魔纹大陆》中的玩家送回了现实世界。但所有玩家的身体都因为长时间浸泡在营养液中极度虚弱，尤其是新人类，在脑干和脊柱上全是神经链接的插口，连站直身体都做不到。
新人类活动困难，只好依靠仅存的旧人类（三刀流索隆.波塞西.缪大壮.小笼包.曙光和希望）照顾大家。
回到现实的生活没有当场小豹描绘美好，即便机器人提供的生活环境在温暖的地下，但食物短缺还是在捕捉老鼠果腹，一切的行动依旧在机器人的监视之下。因此，小豹的威望一落千丈，甚至被大家孤立排斥，反而是照顾大家的曙光和希望兄妹成为了大家的主心骨，小豹心里暗暗起了杀心。
二狗即便回到了现实也依旧守护在希望身边，二人的感情慢慢升温，终于喜结连理。
就在二狗和希望结婚的当天，大家都在为二人庆祝的时候，小豹看准曙光离开众人视线的时候，用磨尖的铁条刺死了曙光。
小豹杀死曙光后，第一时间带着豆豆主动回到了《魔纹大陆》的世界。原本想人人平等没有阶级制度的小豹，却因为失去了领导地位杀人真是极大的讽刺。
曙光被杀后，人类阵营又一次面临自相残杀。机器人必须保持人类的繁衍，只好强行干预，将小豹和豆豆的追随者送回了《魔纹大陆》。
一年之后，希望生下了二狗的孩子，但机器人却因为存活下来的人类不足以繁衍人类为由，将孩子送进了《魔纹大陆》。
在吴名的建议下，大家再一次进入《魔纹大陆》，只要完成三大隐藏职业，魔纹老祖.战器祖师.精灵大祭司就会消失，机器人也就失去了最重要的核心。
在大家的拼死战斗后，终于击败了499层的BOSS机械蜘蛛。见到了500层浮岛上的魔纹大师－吴奇。
当年吴奇跳下浮岛已经死亡，但同步实验已经将吴奇和《魔纹大陆》融合在了一起，只要《魔纹大陆》的主机不关闭，吴奇就会永远活在这个虚拟的世界里。
在吴奇发生车祸时路过的女孩，代替博士的孙女进行同步实验的女孩，就是静荷。静荷第一次在《魔纹大陆》中见到吴奇，就认出了吴奇就是替自己被撞的人，为了可以当面感谢吴奇的救命之恩，静荷前往了吴奇所在的医院，刚好遇见了郝秘书在转移博士的孙女。郝秘书为了不让博士的孙女成为实验的牺牲品，迷晕了静荷，带到了主机公司的实验室。在同步实验中，被同步的不是博士孙女的大脑，而是静荷小姑娘的，也因此静荷永远的留在了《魔纹大陆》里。
而本想获得永生的博士孙女却在实验室中，因为混乱的机器人的大开杀戒，导致生命维持系统损坏，和吴奇的肉身一起死亡了。提一下，《自由海盗团》的肖就是现实中博士的孙女，游戏中能治疗所有病痛的肖，就是博士孙女内心最希望获得的能力。叛徒属性，是因为博士背叛了作为一个医生的誓言，为了自己孙女的生命主动去伤害其他人，肖也是学医的，所以肖自己明白‘背叛’的是什么。
大家在次见到吴奇，也知道了机器人崛起的起因。在静荷的劝说下，吴奇终于决定帮助大家关闭《魔纹大陆》，解救希望和二狗的孩子。
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