道教内丹学南宗创始于北宋张伯端，其最初继承系统为张伯端石泰薛道光陈楠白玉蟾南五祖。
该派以“先命后性”修炼方式著称。其丹法强调“返璞归真，以简驭繁，慢中求快”。其代表人物多出自南方，故名南宗。
悟真篇、还源篇、复命篇、翠虚篇等为南宗主要经典。
南宗继承钟离权、吕洞宾的内丹理念，认为修炼内丹，即修炼“性、命”性命双修，先命后性独树一家之学。
主张“混俗和光”、“大隐混俗”，不提倡出家
。元代中后期原来流传于北方的全真道与南方内丹派的结合，内丹学南宗的教派也被划分在道教全真道。与原来的全真道不同的是，内丹学南宗人士多不提倡出家。
南宗从张楠开始即兼行雷法，白玉蟾并撰有多种雷法著作。
张伯端反对形式上的出家离俗，隐避山林。而主张“大隐隐于市”。
他本人就不是出家的道士。南宗直至五祖白玉蟾，始开始有云游道士，也组织了南宗自己的教团组织。
一般认为，白玉蟾为南宗实际建立者。白玉蟾开始建立的教派既是丹法派亦是雷法派。明朝以后，南北两宗多有相互融合。
张伯端、石泰、薛式、陈楠及白玉蟾“南五祖”，若再加上张伯端的弟子刘永年和白玉蟾的弟子彭鹤林，则被奉为“南七真”见五祖七真。
而北宗追求“全真而仙”，其修炼以清净为主，即以“识心见性”为首要，以炼心炼已为基础，同时不废精气的的修炼，王重阳说：“识心见性全真觉，知汞通铅结善芽。”
重阳全真集卷一第一这是把“识心见性”的炼心与“知汞通铅”的炼气作为“全真”的两个基本内容。
相对于南宗“先命后性”的功法，北宗丹法以“先性后命”为特征。
关于清净炼性，北宗各家皆以此为上乘丹法，不二法门。
王重阳说：“诸公如要真修行，饥来吃饭，睡来合眼，莫打坐，莫学道，只要尘冗事屏除，只要心中清净两个字，其余都不是修行。”
重阳全真集卷十第十二马钰说：“清静者，清为清其心源，净为净其囗海。心源清则外物不能扰，故情定而神明生焉。
炁海静，则邪欲不能干，故精全而腹实焉。
是以澄心如澄水，养囗如养儿，囗秀则神灵，神灵则囗变，乃清净所致也。”丹阳真人语录丘处机说：“吾学惟贵见性，水火配合其次也。”长春真人语录
看过射雕英雄传的都知道全真七子，大多数人以为那是武侠杜撰，但实际上确有其事，不过没有那么厉害罢了。
王重阳也没那么神，都是被金庸老先生给神化了。
北宗之所以重视炼性炼已，一来由于该派本身即是道释儒合流的产物，受佛教“明心见性”的影响至深。
二来由于该派在性命关系的问题上有独到的见解。
如在丘处机看来，形体有生有灭，神性却无生无灭，故“有形皆坏，天地亦属幻躯，元会尽而终，只有一点阳光，超乎劫数之外，在人身中为性海，即元神也。”
长春真人语录因而修炼在根本意义上来说，乃是全其真性，真性圆明，本命方能彻达。但是，重性功并非不讲命功，该派也讲求神与气的结合，如王重阳说：“气神相结，谓之神仙。”
重阳教化集卷三第十二关于炼气，王重阳对精神有着不同前人的理解。他认精为性，认血为命，“精血者，是肉身之根本真气者，是性命之根本。
故曰有血者能生真气也，真气壮实者自然长久，聚精血成形也”。
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