在维尔京群岛的太平洋阵线部队解除了当地厄普西隆军的威胁之后，他们与其他从亚洲和大洋洲地区逃离出来的盟友重新联合，并一同加入到了悖论远征军中。
经过漫长的研发与艰苦的试验，天气控制仪终于通过了实战测试这一关键节点。至此，盟军成功地拥有了一件足以和战术核弹相媲美的进攻性超级武器。
然而，与之形成鲜明对比的是，曾经备受瞩目的墨丘利卫星此刻却显得黯然失色。由于长期缺乏必要的维护工作，它目前仅能以低功率模式勉强运行。其实际威力与最初设计时所预期的相差甚远，甚至可以说几乎无法发挥出应有的作用，只能被用作清理聚集起来的步兵堆的作用。
盟军迅速将天气控制仪投入到对厄普西隆的战斗中。位于中南美洲的心灵信标以及其他处于天气控制仪打击范围之内的厄普西隆重要设施纷纷遭到了闪电风暴袭击。那一道道划破长空的耀眼闪电犹如天神之怒，带着毁灭一切的力量倾泻而下，给厄普西隆造成了巨大的损失。
一段时间后，悖论远征军最近发现厄普西隆的状况有所变化，非洲的天蝎组织开始收缩起了防线不再和盟军争夺非洲的丰厚资源，看来他们放弃了和盟军的战事。而心灵军团和总部守卫在非洲地区的活动明显增多，看来他们准备在这里开展大规模的军事行动。
而不久之后，盟军便收到了一个由美军部队发出的求救信号：这些美军现在位于美国海外领地波多黎各的首府圣胡安。早在第三次世界大战中，波多黎各就被拉丁同盟的部队攻占了，而在尤里崛起后，心灵军团又控制了当地的拉丁同盟部队并借此彻底占领了波多黎各。
现在，这些在圣胡安聚集的美军幸存者已是陷入绝境之中。如果放任不管的话， 他们要么会被心灵控制变成傀儡，要么会被心灵军团和拉丁同盟的部队消灭。悖论远征军中，美军部队的规模并不是很大，而美国本土的反抗军在一次失败的行动之后也鲜有条件离开本土加入悖论远征军的行列。为了扩充盟军自身的实力，团结一切力量，太平洋阵线的指挥官决定去营救他们。
圣胡安市有一座桥，这是当地美军撤离的唯一途径。根据侦察，盟军还在这座城市中发现了一座废弃的基地。驻守圣胡安的指挥官决定先派遣两支突击队渗透入市区内收回废弃的基地，然后借此联系大部队进行支援，一同协助美军幸存者安全撤退。
波多黎各，圣胡安。詹姆斯警长呼出一口烟，将雪茄在烟灰缸中掐灭。起身拿起那顶警长帽戴在头上，将胸前的警徽再擦拭了一遍。“情况终于有改变了么？”詹姆斯警长早已绝望的心中在悖论远征军到来后燃起了希望。
“全体集合！”詹姆斯警长对着手下的士兵们喊道，“悖论远征军的友军已经抵达，我们要配合他们的行动，确保这次撤离计划能够顺利进行！”他已经很久没有这么激动过了。
圣胡安南部近海，两队太平洋阵线的队伍偷偷潜入了这里。“总部需要我们夺取这里的航站大楼，那里是控制离开这里唯一一条大桥的建筑。”
简单交代完初期任务后，太平洋阵线部队开始了行动。反转士和突击队员们潜入了厄普西隆的控制区内。
厄普西隆的部队彻底心控了此地的拉丁同盟部队。在克什米尔核爆后，世界上编制最完整的拉丁同盟部队已经成了厄普西隆的傀儡军团。
两队渗透小队首先前往了西南角的战俘营，那里被囚禁着一队被厄普西隆俘虏的镇暴部队。
反转士的反转力场为盟军的推进提供了新的方式。反转力场消除磁暴线圈的伤害，突击队员们可以顶着已经无害化的电流在磁爆线圈上安装炸弹，炸掉线圈后继续前进。
“感谢上帝，我们终于得救了。”获救的镇暴部队重新戴上装备
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