李适之乱平息后不久，宗主国明朝方面也传来了对仁祖的利好消息。仁祖在政变后立即派李庆全出使明朝，通报政变之事，并请求明朝皇帝册封他为朝鲜国王。然而，明朝最初认定其为篡位， 延迟 不予册封。在朝鲜使臣的恳求和驻扎朝鲜境内椵岛（皮岛）的明将毛文龙的帮助下，明朝从“联鲜制奴”的战略考虑出发，决定批准仁祖的册封。天启四年（1624年）四月二十日，仁祖从归国使臣那里获得了明熹宗的准封圣旨，翌年六月初三日，由明朝使臣太监王敏政、胡良辅主持册封典礼，仁祖在国内的合法性得以确固。
尽管如此，仁祖治下的形势并不强于光海君时期。百姓生活并未明显改善，失望情绪在朝鲜社会不断蔓延。光海君时期权贵所掠夺的土地，仁祖不但不归还原主，反而听任政变功臣据为己有，人们叹息：“只是变了下主人而已啊！”讽刺仁祖及政变功臣的歌谣也开始出现，如“嗟尔勋臣，毋庸自夸，爰处其室，乃占其田，且乘其马，又行其事，尔与其人，顾何异哉？”“孰谓清时？今亦昏时。昔在昏时，爵人以贿。今在清时，爵人以私。”
四、两次胡乱
仁祖即位之前，后金已经攻陷了明朝的辽东，并对辽西虎视眈眈。明将毛文龙转进朝鲜境内的椵岛（皮岛），对后金后方构成了威胁。仁祖政变之际，仁祖政权斥责光海君忘恩背德，私通后金，并标榜要同明朝“协力讨虏”。但实际上，仁祖采取了对后金的不刺激政策，维持了几年的和平局面。然而，皇太极成为后金的新任汗后，情况发生了变化。皇太极一直是对朝强硬论者，加之继位后内部不稳，又发生饥荒，需要通过对外战争来转移和缓解矛盾。
天启七年（1627年）正月，皇太极派其堂兄二贝勒阿敏率军进攻朝鲜，同时将明将毛文龙列为进攻目标，史称“丁卯胡乱”。后金军无法渡海攻击毛文龙在岛上的据点，但迅速攻陷了毛文龙在陆上的铁山据点。对朝鲜的攻势更是势如破竹，从义州、安州、平壤一直打到黄海道的平山。仁祖率仁穆大妃和群臣避难于江华岛，同时命昭显世子分朝于全州。后金军的目的并非占领朝鲜全境，而是迫使朝鲜屈服。双方在短暂交战后展开外交交涉，三月初三在江华岛达成盟约，双方结为兄弟之国，阿敏撤军时又擅自在平壤与朝鲜人质原昌君李玖另立一约，规定朝鲜向后金输岁币。不久，后金又要求朝鲜 开 市 中江，与之贸易，朝鲜被迫一一答应。
然而，朝鲜与后金之间的关系并未因此缓和。朝鲜给后金输送的“岁币”质量低劣，被皇太极退回；朝鲜答应会宁开市，却迟迟不兑现；朝鲜放任越境采参和狩猎，以及在后金逃人问题上的争端，使得两国关系进一步恶化。更重要的是，朝鲜在明金之间的暧昧关系，一面称臣明朝，一面与明的敌国后金修好，这种双重立场注定不能持久。
崇祯八年（1635年），皇太极征服蒙古察哈尔部，以获得传国玺为借口欲称皇帝，朝鲜自然不肯就范。崇祯九年（1636年）二月，皇太极派龙骨大（英俄尔岱）、马夫大（马福塔）及数十名蒙古人来朝鲜，借春信、吊祭（仁烈王后之丧）为名，劝朝鲜请皇太极进帝号，仁祖君臣对此反应强烈，坚决拒绝。三月初一日，仁祖晓谕朝鲜八道，痛斥后金“僭号”企图，命令官民做好抵抗后金的准备。同年四月十一日，皇太极在盛京即皇帝位，改国号为大清，朝鲜春信使罗德宪、回答使李廓虽被迫参加贺礼，但拒绝三跪九叩，被皇太极遣返回国，清朝与朝鲜的紧张关系骤然升级。
在随后的几个月里，朝鲜分化为金尚宪为首的斥和派与崔鸣吉为首的主和派，斥和派占朝鲜士大夫的绝大多数，但仁祖内心偏向主和派。十月，仁祖向清朝派遣译官送去国书，委婉表达恳求和谈之意，却遭到皇太极拒绝，战争遂不可避免。仁祖一面命令平安道等地修缮城堡，防备入侵；一面强化对明关系，将斥绝后金之举转咨皮岛，得到明崇祯帝的“奖敕”，并派金堉以冬至使出使明朝，请求明廷提供硝石、硫磺。
崇祯九年（1636年）十二月，皇太极统率大军亲征朝鲜，“丙子胡乱”爆发。由于朝鲜与清朝实力悬殊，加上金自点等将帅的无能，清军不费吹灰之力就逼近汉城。十二月十四日，仁祖安排金庆征（领议政金琉之子）等护送王世子嫔、两名大君、宫中女眷、大臣家眷等先到江华岛避难，自己稍后出发。清兵先锋已在汉城近郊活动，仁祖担心途中被俘，选择就近逃到南汉山城。他还对战事抱有一丝希望，不愿无条件屈服，一面“亲自巡城，慰抚三军”，激励将士死守；一面命八道勤王，但各路勤王军皆被清军击退。十二月二十九日，南汉山城的朝鲜守军出击，惨败而归，从此龟缩不出。次日，汉城不战而失守。皇太极所率主力已至，将南汉山城围得水泄不通。
仁祖见在劫难逃，只好同清朝谈判。围绕出降问题，金尚宪为首的斥和派和崔鸣吉为首的主和派展开激烈争论。崇祯十年（1637年）正月二十二日，清军渡海攻陷江华岛，世子嫔及两名大君等都成了俘虏，这成为压倒仁祖君臣的最后稻草。正月二十八日，朝鲜接受了清朝提出的断绝对明关系、向清朝称臣纳贡的盟约。正月三十日，仁祖穿着蓝染衣，骑着白马，率世子及50多名随从官员出南汉山城西门，在汉江南岸的三田渡向皇太极行三跪九叩之礼，然后改换穿皇太极所赐的貂裘谢恩。从此，朝鲜成为清朝的属国。
五、坎坷而薨
丙子胡乱后，清军撤军，带走了作为人质的昭显世子、凤林大君（后来的朝鲜孝宗）与约50万朝鲜俘虏回国。力主斥和的洪翼汉、尹集、吴达济三学士也被带到盛京处死。此后，朝鲜不仅向清朝称臣纳贡，还被迫出兵帮助清朝攻打明朝，参与了皮岛海战和松锦之战。仁祖在此后尽可能顺从清朝的意图，对耻于向清朝称臣的大臣则深恶痛绝。他认为所受之辱都是斥和派造成的，直斥斥和派“误国”，并说：“此辈（斥和派）以国之存亡置之度外，谋占美名，党同伐异，竟使宗国覆没，甚可恶也！”与之相应的是重用主和派和亲清派，他在丙子胡乱后拜崔鸣吉为领议政，崔鸣吉因私通明朝被清朝抓走后又起用金自点。
仁祖政权的合法性在两次 胡 乱 后 面临严重危机。由于仁祖反正的名义本身就是亲明排金，因此仁祖向满清屈膝自然使人们倍感失望。丙子 胡 乱 后，朝中掀起了辞职和隐退的风潮，士林中的士大夫对仁祖政权的形象一落千丈。另一方面，自丁卯 胡 乱 后，叛乱阴谋层出不穷。天启七年（1627年），李仁居起兵江原道；崇祯元年（1628年），柳孝立等欲立仁城君；崇祯五年（1632年），柳应泂谋逆；崇祯六年（1633年），李时说欲立锦原令李倬；崇祯八年（1635年），李基安谋逆；崇德四年（1639年），贞明公主及宫人的诅咒事件；崇德八年（1643年），李挺海叛国事件；顺治元年（1644年），反正功臣沈器远欲立怀恩君；顺治三年（1646年），姜嫔诅咒事件和安益信谋逆。这些谋逆事件基本在未然之时便被仁祖扼杀，其中仁祖可能毒死了他的儿子昭显世子，并不顾大部分大臣的反对，一意孤行，亲自下令赐死儿媳姜氏（愍怀嫔），并将三个孙子（昭显世子之子）通通流放济州岛，任其自生自灭。
仁祖后期自嘲为“伤弓之鸟”，臣下也批评他“一经大乱之后，无一分振作之气，侥幸一日之无事”。他的最后几年就是在内外交逼中努力保住自己王位的极度缺乏安全感的心理下度过的。顺治六年（1649年）五月初八日，李倧这位历经坎坷的朝鲜国王去世于昌德宫之大造殿，享年五十五岁。死后庙号初为烈祖，后来有人说这与南唐烈祖李昪的庙号冲突，不宜使用，故很快改为仁祖，谥号宪文烈武明肃纯孝大王。大韩帝国时期在谥号前追上“开天肇运正纪宣德”八字。清朝赐谥“庄穆”，但朝鲜并不把清朝当作真正的上国，因此终朝鲜王朝之世，此谥号以及清朝赐予朝鲜各王的谥号，都不为朝鲜所用。仁祖初葬于坡州北云川里的长陵，后在英祖年间移葬交河。
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