千手南间回返木叶村，没有着急追击面具男，是因为现在一统忍界大陆的木叶村，有着太多需要他管理的事情，他可没有扉间那样的人辅助，一切事情都是他独自处理。
位于水之国的漩涡一族，现在并没有任何动作，波风水门父子还有宇智波族人，事实上也清楚现在的木叶一方并不是真正敌人，甚至相反最近双方还开始尝试恢复之前贸易交往，建立稳定的双边关系。
漩涡鸣人，还有宇智波佐助，在千手南间眼里属于下一代的火种与希望，自然也愿意扶持他们在水之国那边站稳脚跟并远离忍界大陆的风波。
“火影大人，目前发现四个克隆基地，已派人进行扫除工作。”
火影办公室内，换上标志性初代火影披风的千手南间，正在安排后续扫荡树人大蛇丸的克隆人基地问题，这一年多的时间里，树人大蛇丸疯狂建立各种隐藏基地并培育大量克隆人，先前在时空裂缝里出现的克隆人大筒木，就是大蛇丸杰作。
比起秽土转生来说，无限克隆大量战斗士兵，甚至不乏一些忍界传奇人物，树人大蛇丸非常难缠，甚至这些克隆体里面还有千手南间和宇智波北野，只不过这些白绝细胞的克隆体虽可以克隆出一模一样存在，可要他们发挥出原本宿主100%的实力非常困难，这一次大战里，千手南间就亲手灭杀过十几个自己的克隆人，都是在大招余波里面扫荡。
黑暗世界一战，宇智波鼬被爆头，树人大蛇丸数万克隆体一举被摧毁，千手南间以一敌万，后续扫荡工作下，他要在自己活着时候，将把大蛇丸彻底拔除。
克隆体可以无限，但自我灵魂无法无限分割...
早就获得树人大蛇丸全部情报的千手南间，自然有把握下次遇到时再重创一次他的灵魂。
虽然他不是宇智波，但一样可以用星云体逆反冲击手段，切割大蛇丸灵魂，这次黑暗世界里，树人大蛇丸全身灵魂和细胞都出现溃烂局面，要彻底恢复起码一段时间，他最大的底牌数万克隆体，经历自己反杀，还存下数量估计也就上千左右。
总的来说，大蛇丸损失最重，面具男和带土一方不过是辅助，虽也受伤但也没损失太多，大蛇丸才是各方面最大输家。
不过，波风水门的突破基因封锁，达到生前宿主水准这件事，不仅仅大蛇丸在调查，千手南间也在调查这件事。
因为波风水门从身体结构到体内血脉，理论上存在一定缺陷，可是这份缺陷已经被弥补修复，他身体里面隐藏的幕后手段，千手南间虽然第一时间联想到自己老师，那个神秘面具男，可是经过这段时间战斗他也察觉到面具男并没有让克隆体摆脱大蛇丸控制的手段。
大蛇丸制造的克隆体，原则上存在一道阀门限制，让他上限只能达到原身99%极限，虽然就差1%但千手南间就可以轻易反杀，可是波风水门不同，他已超越最后1%开始自我进化学习，身体素质与查克拉承受能力，还能继续成长。
这一连串变化，千手南间经过几次追击大蛇丸后，获得数据信息与情报，让他怀疑忍界还有隐藏的神秘人物，毕竟一部分的查克拉细胞活跃度比之前更高了...难不成灵魂被磨灭情况下，还有其他复活手段。
波风水门的基因突破界限，漩涡鸣人和宇智波佐助体内的楔，都是源头直指一个人，那位被封印的尊荒仙人石像。
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